Магистерская диссертация в системе науки выполняет квалификационную функцию, т.е. готовится с целью публичной защиты и получения научной степени. Поэтому соответствие такого исследования базовым требованиям (обоснование актуальности темы и методологического подхода; соответствие цели, задач и выводов; предмета и объекта, т.д.) является основополагающим при подготовке магистерских работ. Однако, в большинстве своем, магистранты первого года обучения не имеют базовых научно-исследовательских компетенций, не могут выбрать и показать актуальность темы, сформулировать цель и задачи, определить новизну и практическую значимость своей научной работы. Кроме того, имея ограничения во времени для выбора и утверждения актуальной темы, без пилотного исследования, они часто совершают ряд существенных ошибок при подготовке и защите своей диссертационной работы.В статье обсуждаются особенности подготовки квалификационной научной работы в магистратуре с использованием современных образовательных технологий и алгоритмов. Для решения этих задач, с целью эффективной помощи начинающему исследователю авторы считают необходимым использовать технологический подход при подготовке квалификационной работы, который полезен с точки зрения унификации действий обучающегося, обеспечения воспроизводимости исследовательских шагов и достижения гарантированного результата.С этой целью авторами был составлен и предложен, для использования на занятиях с магистрантами, пошаговый структурированный алгоритм выполнения действий, направленный на решение научно-исследовательских задач. А соответствие квалификационным требованиям является диагностическим показателем достижения цели и задач обучения. Разработанный пошаговый алгоритм используется на дисциплине «Технология подготовки магистерского исследования», которая ведется для магистрантов Карагандинского медицинского университета, обучающихся по различным специальностям.